После событий, которые происходили в первом фильме, прошло два года. Анимация «Гнездо дракона 2: трон эльфов» начинает свой сюжет с того, что Юному Ламберту приходит приглашение на свадьбу принцессы, из Страны Эльфов.
Радостная новость вдохновляет его, потому что он сможет вновь встретиться с эльфийкой Лийей. Он берется собираться в путь, вместе со своей верной парой псов, на воздушном корабле.
Но, в царстве эльфов не все так радужно. Покровительница темных эльфов - Елена, хочет помешать торжеству, дабы застать врасплох придворных и овладеть стародавним артефактом Альтерой – кристаллом Черного Дракона. Этот артефакт, способен дать владельцу силу контроля жизненных сил любого существа, которое обитает в таинственных лесах. План Елены оказывается успешным, и она берет в плен принцессу.
Судьба королевства и принцессы, ложится на плечи Ламберта и Лии, лишь они способны спасти от гибели царство Эльфов.