Со времен событий, которые происходили в первых двух частях фильма про Мега-акулу, прошло некоторое время. И теперь появилась акула мегалодон. Мега-акула против Меха-акулы – история о том, как правительство, пытаясь устранить угрозу, решает запустить новую сверхсекретную программу по созданию механического аналога мегалодона.