Жила на свете одна девочка и звали ее Эйко Магами. У нее также была подружка Сико, которая постоянно находится рядом с Эйко. Даже на учебу они ходят вместе за ручку. В аниме "Проект А-ко 3" есть еще одна героиня – самая популярная девочка в классе.
Ее зовут Бико Дайтокудзи, и она испытывает к Сико необычные чувства, поэтому ее просто раздражает Эйко. Эйко постоянно ссорится с Бико. В результате их конфликтов, все вокруг летит в разные стороны. однажды девочкам пришлось объединиться, чтобы помочь спасти бедную Сико. Ее похитили пришельцы, перепутавшие девочку со своей давно пропавшей принцессой.