Молодая пара приезжает на день встречи выпускников в свою школу, где и хотят встретиться с братством Нюк Эм Хай. Главные герои фильма "Атомная школа: Возвращение 2" узнают, что некогда могущественное братство теперь состоит из дураков и балбесов. Почему-то и все остальные школьники изменились не в лучшую сторону. Озадаченные, они решают узнать, что же произошло с их родной школой.