Мир неизбежно погружается сумрак. Конец света постепенно приближается. Недалеко от западной границы сумеречной зоны находится маленькая страна. Ее жители стараются восстановить потерянные знания алхимии, чтобы предотвратить наступление конца света. Жители собирают все доступные технологии в столице страны. Там над ними работает не покладая рук главный герой – молодой перспективный ученый Логи.
«Алхимики сумеречных небес» – аниме о том, как Логи знакомится с молодой симпатичной девушкой по имени Эшка, которая живет на границе. Она обладает выдающимися знаниями в алхимии. Овладев в Столице новейшими алхимическими технологиями, Логи переводится в департамент, который занимается развитием этой науки. Там он и знакомится с Эшкой. Они дают друг другу клятву приложить все усилия для того, чтобы избавить планету от нарастающего сумрака.
