В городке Ямасиро внезапно вспыхнула эпидемия чумы, что само по себе стало уникальным событием для японцев. Местные жители убежали из провинции, а глава соседского самурайского клана Мотидзукэ отправил в эти края на разведку подчиняющийся ему клан ниндзя Кога.
Вскоре какие-то неизвестные и невероятно сильные существа расправились с незваными гостями. Спаслась только девушка-ниндзя по имени Кагэро, потому что ее избавил от смерти самурай Дзюбэй. Он смог справиться с одним из неизвестных существ. Дзюбэй даже не догадывался о том, что он убил не простого монстра, а одного из Демонов Кимона. Эти воины обладают поразительными, нечеловеческими способностями.
Манускрипт ниндзя – аниме о том, как Дзюбэй убил одного из восьми воинов, и стал смертельным врагом этой безжалостной семерки демонов. Монах, подосланный правительством обманом нанимает Дзюбэя и Кагэро, чтобы они помогли ему выяснить планы этих демонов. Героям приходится использовать все силы и возможности, чтобы спасти свою страну от предстоящей войны. Вместе с этим Дзюбэй решает вернуть старый долг, он ждал этого много лет. Кагэро мечтает только об одном – почувствовать себя не смертоносным воином, а обычной женщиной.
